1998年の「劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲」から始まり、今作で23作目を迎えるポケモン映画。人里から遠く離れたジャングルの奥地。そこに、よそ者が足を踏み入れることを許さない、厳しい掟で守られたポケモンたちの楽園、オコヤの森があった。その森で、幻のポケモン・ザルードに、ポケモンとして育てられた少年ココ。自分のことをポケモンだと信じて疑わないココは、ある日、サトシとピカチュウに出会い、初めての「ニンゲンの友達」ができる。